حلقه های بنیادی یا stem - loopالگویی است که می تواند در دی ان ای تک رشته ای و البته بیشتر در آر ان ای رخ دهد. این ساختار را به عنوان سنجاق سر ( hairpin ) یا حلقه سنجاق سری ( hairpin - loop ) نیز معرفی می شود. ساختار ذکرشده زمانی به وجود می آید که دو ناحیه از یک رشته، که معمولاً وقتی آنها را در دنباله نوکلئوتیدی از دو جهت مخالف می خوانیم مکمل یکدیگر هستند، به شکل یک فنر دوتایی جفت شوند به طوری که در انتهایشان یک حلقه جفت نشده دیده شود. این الگوها عموماً بخش کلیدی برای بسیاری از ساختار دوم آر ان ای هستند.
شکل یک حلقه بنیادی به استحکام آن بر اساس ناحیه مارپیچ و حلقه انتهایی آن وابسته است. اولین پیش نیاز برای این ساختار وجود دنباله ای است که بتواند روی خود تا بخورد و فرم یک مارپیچ دوتایی جفت شده را به وجود آورد. استحکام این مارپیچ به کمک طول آن، تعداد بازهای جفت نشده موجود ( که تعداد کمی از آنها به خصوص در مارپیچ های بلند قابل قبول هستند ) و نوع بازهای موجود در ناحیه جفت شده مشخص می گردد. جفت گوانین و سیتوزین سه پیوند هیدروژنی ایجاد می کند و بسیار محکم تر از جفت آدنین و اوراسیل با دو پیونn هیدروژنی است. در اسید ریبونوکلئیک ( RNA ) جفت گوانین و اوراسیل با دو پیوند هیدروژنی نیز مرسوم و مطلوب است. اثر متقابل بازهای جفت شده، که اوربیتال پی را در جهت مطلوب همتراز می کنند، فرم مارپیچ ا به وجود می آورند.
استحکام حلقه انتهایی نیز در فرم حلقه بنیادی مؤثر است. «حلقه» با کمتر از چهار باز تشکیل نمی شود. حلقه های بزرگ که ساختار خاصی ندارند ( مانند شبه گره ها ) نیز پایدار نیستند. یک حلقه بهینه از ۴ الی ۸ باز تشکیل شده است. حلقه رایج با دنباله UUCG با نام حلقه تترا ( tetraloop ) شناخته می شود که با توجه به اثر متقابل بازهای موجود خود به طور خاص پایدار است.
حلقه های بنیادی در mRNA و به خصوص در tRNA، که شامل سه حلقه بنیادی و یک دنباله است و فرم برگ شبدری دارد، رخ می دهد. یک آنتی کدون که کدون ها ( codon ) را در طول فرایند ترجمه تشخیص می دهد در یکی از حلقه های جفت نشده tRNA وجود دارد. در شبه گره موجود در آر ان ای دو حلقه بنیادی وجود دارد که حلقه یکی از آنها بخشی از دیگری را تشکیل می دهد.
بسیاری از ریبوزوم ها از حلقه های بنیادی تشکیل شده اند. ریبوزوم سرچکشی ( hammerhead ribozyme ) نیز از سه حلقه بنیادی تشکیل شده است که در یک حلقه مرکزی جفت نشده به یکدیگر متصل می شوند.
این نوشته برگرفته از سایت ویکی پدیا می باشد، اگر نادرست یا توهین آمیز است، لطفا گزارش دهید: گزارش تخلفشکل یک حلقه بنیادی به استحکام آن بر اساس ناحیه مارپیچ و حلقه انتهایی آن وابسته است. اولین پیش نیاز برای این ساختار وجود دنباله ای است که بتواند روی خود تا بخورد و فرم یک مارپیچ دوتایی جفت شده را به وجود آورد. استحکام این مارپیچ به کمک طول آن، تعداد بازهای جفت نشده موجود ( که تعداد کمی از آنها به خصوص در مارپیچ های بلند قابل قبول هستند ) و نوع بازهای موجود در ناحیه جفت شده مشخص می گردد. جفت گوانین و سیتوزین سه پیوند هیدروژنی ایجاد می کند و بسیار محکم تر از جفت آدنین و اوراسیل با دو پیونn هیدروژنی است. در اسید ریبونوکلئیک ( RNA ) جفت گوانین و اوراسیل با دو پیوند هیدروژنی نیز مرسوم و مطلوب است. اثر متقابل بازهای جفت شده، که اوربیتال پی را در جهت مطلوب همتراز می کنند، فرم مارپیچ ا به وجود می آورند.
استحکام حلقه انتهایی نیز در فرم حلقه بنیادی مؤثر است. «حلقه» با کمتر از چهار باز تشکیل نمی شود. حلقه های بزرگ که ساختار خاصی ندارند ( مانند شبه گره ها ) نیز پایدار نیستند. یک حلقه بهینه از ۴ الی ۸ باز تشکیل شده است. حلقه رایج با دنباله UUCG با نام حلقه تترا ( tetraloop ) شناخته می شود که با توجه به اثر متقابل بازهای موجود خود به طور خاص پایدار است.
حلقه های بنیادی در mRNA و به خصوص در tRNA، که شامل سه حلقه بنیادی و یک دنباله است و فرم برگ شبدری دارد، رخ می دهد. یک آنتی کدون که کدون ها ( codon ) را در طول فرایند ترجمه تشخیص می دهد در یکی از حلقه های جفت نشده tRNA وجود دارد. در شبه گره موجود در آر ان ای دو حلقه بنیادی وجود دارد که حلقه یکی از آنها بخشی از دیگری را تشکیل می دهد.
بسیاری از ریبوزوم ها از حلقه های بنیادی تشکیل شده اند. ریبوزوم سرچکشی ( hammerhead ribozyme ) نیز از سه حلقه بنیادی تشکیل شده است که در یک حلقه مرکزی جفت نشده به یکدیگر متصل می شوند.
wiki: حلقه بنیادی